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全球藥典草藥基因組數據庫建成上線發表

文章來源: 作者: 發布時間:2021年08月17日 點擊數:
由國家重點研發計劃項目支持的全球藥典草藥基因組數據庫已完成建設并上線,該數據庫是全球首個針對藥典收載草藥物種的大型基因組學數據庫,該研究近日在Science China-Life Sciences雜志發表。
該數據庫目前已收錄903個草藥物種的34,346條數據,包括867個物種的21,872條DNA條形碼數據,674個物種的2,203個細胞器基因組以及49個物種的55個全基因組數據等,所收錄數據涵蓋全球八大藥典草藥物種(中國藥典、美國草藥典、日本藥典、韓國藥典、印度藥典、埃及藥典、歐洲藥典以及巴西藥典)。所有數據進行統一格式化并開發、嵌入多個數據挖掘/分析工具,包括信息模糊搜索、序列BLAST搜索、DNA條形碼物種鑒定、基因組數據瀏覽器JBrowse等。
全球藥典草藥基因組數據庫由陳士林領導的本草基因組團隊建設完成。該數據庫有效地將草藥基因組數據統一整合,并提供不同層面的草藥基因組學相關數據及分析工具,提升草藥基因組數據價值,將為草藥物種鑒定、用藥安全、藥效成分生物合成途徑解析、優良品種分子育種等方面提供了極大的便利。
中國中醫科學院中藥研究所廖保生、胡灝禹、肖水明為該論文的第一作者,徐江、陳士林為通訊作者,該研究得到了國家重點研發計劃 “中藥多組學研究及新品種選育”等項目資助。數據庫訪問地址:http://www.gpgenome.com。
 
圖1 GPGD首頁
 
圖2 Global Pharmacopoeia Genome Database is an integrated and mineable genomic database for traditional medicines derived from eight international pharmacopoeias. SCIENCE CHINA-Life Sciences, 2021
 
圖3 全球藥典藥用物種基因組數據庫結構
 
圖4 全球藥典藥用物種基因組數據庫使用示例
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